肝内外胆管结石可以引起反复发作性胆管炎、胆汁淤积性肝硬化，甚至胆管癌的发生。手术仍是目前治疗该病的主要方法。但术后高复发率及残石率仍是影响手术疗效的重要因素，患者常需多次手术。


文献报道肝胆管结石的再手术率为18.7%左右，死亡率高达10.3%。其复发或残石的原因（如受偏远地方诊疗水平所限，术前漏诊、手术探查不彻底等是造成复发原因之一），其中胆管狭窄是结石术后复发的主要原因。文献报道肝内胆管狭窄者术后残石及复发率可高达36%，因此初步有必要小心对肝内胆管的狭窄性进行评估。另外，为了完全清除结石，可联合多种不同的方法如球囊扩张、置放导管等。


另外，胆肠吻合术后吻合口狭窄导致结石复发的处理也比较困难。胆肠吻合术后，尤其是胆总管-十二指肠吻合术后，由于肠液反流引起的反复胆管炎常造成吻合口狭窄、结石复发。文献报道胆肠吻合术术后残石或复发率为31.4%，胆管炎的发生率为30.6%；远远高于非胆肠吻合组。因此对于可能残石或肝内存在病灶者行胆肠吻合值得商榷。


术后反复胆管炎是肝内外胆管结石复发的重要原因：肝内胆管结石多数为胆色素结石，其成因与细菌的存在密切相关。文献显示肝胆管结石合并胆道感染的几率高达96.3%。大肠杆菌是最常见的致病菌，其次是克雷白，链球菌和假单孢菌。另外，目前已发现厌氧菌亦可参与胆道感染。文献报道肝胆管结石术后3年及5年胆管炎的累计发生率高达25%和37%。而且术后胆管炎的发生与肝总管或胆总管狭窄,残石、复发密切相关。所以胆道结石合并感染者首先应解除胆道梗阻或狭窄，恢复胆汁正常引流，如果术后胆管炎仍反复发作，则应积极使用抗生素控制细菌感染。